Μάθημα : Οργανική Χημεία

Πολλές απο τις γνώσεις που μάθαμε όπως σκελετικές δομές, διαμοριακές δυνάμεις χρησιμοποιήθηκαν στη "molecular docking" για να ανιχνεύσουμε γρήγορα μέσω υπολογιστή μικρά μόρια με καλή ελευθερη ενέργεια πρόσδεσης ενάντια στους στοχο των ινιδίων της α-συνουγκλείνης.

Περίληηψη.   

Οι μέθοδοι μηχανικής μάθησης υπόσχονται να μειώσουν το κόστος και τα ποσοστά αποτυχίας των παραδοσιακών διαδικασιών ανακάλυψης φαρμάκων. Αυτό το ζήτημα είναι ιδιαίτερα πιεστικό για τις νευροεκφυλιστικές ασθένειες, όπου η ανάπτυξη φαρμάκων που τροποποιούν την πορεία της νόσου έχει αποδειχθεί εξαιρετικά δύσκολη.

Για την αντιμετώπιση αυτού του προβλήματος, περιγράφουμε εδώ μια προσέγγιση μηχανικής μάθησης για τον εντοπισμό αναστολέων μικρών μορίων της συσσωμάτωσης της α-συνουκλεΐνης, μιας διεργασίας που εμπλέκεται στη νόσο του Πάρκινσον και σε άλλες συνουκλεϊνοπάθειες. Επειδή ο πολλαπλασιασμός των συσσωματωμάτων της α-συνουκλεΐνης λαμβάνει χώρα μέσω της αυτοκαταλυτικής δευτερογενούς πυρήνωσης, στοχεύουμε στον εντοπισμό ενώσεων που δεσμεύονται στις καταλυτικές θέσεις στην επιφάνεια των συσσωματωμάτων.

Για να επιτύχουμε αυτόν τον στόχο, χρησιμοποιούμε μεθόδους μηχανικής μάθησης βασισμένες στη δομή, με επαναληπτικό τρόπο, ώστε πρώτα να εντοπίσουμε και στη συνέχεια να βελτιστοποιήσουμε σταδιακά τους αναστολείς δευτερογενούς πυρήνωσης.

Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι αυτή η προσέγγιση οδηγεί στον εύκολο εντοπισμό ενώσεων που είναι δύο τάξεις μεγέθους πιο ισχυρές από αυτές που έχουν αναφερθεί προηγουμένως.